耕地生産部には村松ステーションと新通ステーションの2つのステーションがあり、それぞれ五泉市（旧村松町、新潟大学から45km）、新潟市西区新通（新潟大学から3km）に所在しています。村松ステーションは16haの圃場を有し、食用作物（ダイズ、ジャガイモ）、野菜類（ナガネギ、スイカ、ダイコン）および牧草を作付け、乳牛やヤギを飼育しています。新通ステーションは3haの圃場を有し、水稲を中心に作付けし、転作作物としてタマネギ、エダマメ、ソラマメ、サトイモ、イチゴ、トマト、ナス、キクなどを栽培しています。一部は施設栽培で取り組まれています。春季には草花やハーブの苗生産も行っています。両ステーションでは農場実習が開講されています。農学部の全学生が受講可能な「基礎農林学実習」は基礎的な内容で農作業体験を目的に開講されます。他に、植物生産学、動物生産学および農業機械学を専攻する学生の専門的な実習を開講しています。

耕地生産部では播種から収穫まで、また出産から牛乳生産までの農業生産の全過程を対象に環境負荷の少ない持続的農業に関する研究を行っています。村松ステーションでは農業機械利用による省力生産技術、耕種と畜産での資源循環、資源循環型酪農における乳牛の生産性および繁殖成績について研究しています。新通ステーションでは稲作における水管理や肥培管理、稲の同化産物の転流様式の遺伝変異、野菜の育種や減化学肥料栽培を研究しています。

森林生態部には、森林科学の教育・研究の実践のために佐渡ステーション演習林（500ha）と村松ステーション苗畑（1.4ha）があります。利用調整業務は五十嵐キャンパスの企画交流部事務が担当しています。

佐渡ステーションは、佐渡市外海府地区の海沿い（小田集落）に研究・宿泊施設があり、その東約5km の大佐渡山脈稜線に沿って演習林が広がっています。演習林内の標高は270mから947mと大きな幅を持ち、冷温帯性のものを中心に約500種類の維管束植物（佐渡島に分布する全植物種の約1/3）が生息しています。

演習林の約6割を占める天然林には、推定樹齢500年を超えるスギをはじめヒバ（ヒノキアスナロ）、ミズナラ、イタヤカエデ、シナノキなど冷温帯性樹種の大径木が生育しており、林床にはシラネアオイ、キクザキイチゲ、オオミスミソウ、カタクリなど本州では希少となった草本種が多数分布しています。この天然林は環境省の生物多様性モニタリング事業やJaLTER（Japan Long-Term Ecological Research）のサイトのひとつとして研究面で重要な価値を持つと共に、佐渡島における最も自然度の高い森林として一般にも広く知られており、その保全と利活用を両立させるための先進的なエコツーリズム制度が導入されています。

佐渡ステーションは、2012年度より文部科学省の教育関係共同利用拠点に認定され、新潟大学の学生に加えて全国の大学から学生を受け入れて多くの実習を開催しています。また、森−里−海の生態系の関係性を同一流域で調査できる希有なフィールドとして理学部附属臨海実験所、朱鷺・自然再生学研究センター、災害復興科学研究所などと連携した分野横断型の教育研究を展開しています。